EM ถูกค้นพบโดยการค้นคว้าของ ศ.ดร.ทารูโอะ ฮิงะ แห่งมหาวิทยาลัยริวกิว ประเทศญี่ปุ่น ในปีพ.ศ. 2510 ได้ค้นพบว่าภายในดินมีสิ่งมีชีวิตเล็กๆอาศัยอยู่ภายในดินที่เรียกว่า "จุลินทรีย์" และได้ค้นพบอีกว่าจุลินทรีย์ มีหลายประเภทหลายชนิด แบ่งออกเป็นหลักๆเป็น 3 ประเภท
ศ.ดร.ทารูโอะ ฮิงะ จึงรวบรวมจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ แบ่งย่อยออกเป็น 5 แฟมิลี่ 10 จีนัส 80 สปีชีส์ โดยเรียกกลุ่มพวกนี้ว่า EM (Effective Microorganisms) คือจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ มีประสิทธิภาพ จึงได้นำมาใช้ประโยชน์ในทางการเกษตร
ประโยชน์ของ EM